在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

钻研效果

1、从光敏养育组织细胞中截取DNA热塑球膳食纤维

因为分离办理光化学化学交连膳食纤维质-DNA软型物应用在LC-MS分享，小说作者开发设计一种转化纯化计划方案，可从DNA中取除非说说化学化学交连膳食纤维质，仅在阳光照射时经过同时遗传基因组触及生物富集DNA化学化学交连膳食纤维质。用TRIZOL生成脱色质并取除被抓获的非化学化学交连膳食纤维，然而将其重拾水解以来进行RNase转化酶。经过彩超截取所得额膳食纤维质化学化学交连DNA的生成物，在硫氰酸胍中烧沸转化，并在二腐蚀硅抽滤柱上心跳加快干洗以取除非说说化学化学交连膳食纤维质终会顺利完成。经过核酸酶办理从DNA中减少光化学化学交连膳食纤维，并来进行胰膳食纤维酶转化酶应用在LC-MS分享。该方式 命名为为膳食纤维质化学化学交连DNA生成或XDNAX。

图1.球营养素化学交联DNA转化成或XDNAX流程图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可单独接触到DNA的蛋白酶质图谱

将光热塑方式软件于MCF7人体细胞膜，会发现了1,805种备选血清酶，但其中1,191种现实存在于3个或比较多次相似中。60%的DNA能够 用组有点核酸切合的GO标注，在缺乏性核酸切合标注的血清酶质中，最多的影响发源核纤层血清酶，此外是体验染料质企业和人体细胞膜分化的血清酶质（图2）。

图2 . 可会直接打交道 DNA 的营养素质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3分析了DNA间接使用组所抽象性的球核苷酸-DNA页面试述蕴含的核苷酸交连肽。这属于仍然（1）球状DNA运用实际的结构域、（2）DNA 运用实际混乱区（IDR）和（3）仍然与其余球核苷酸（诸如组球血清运用实际球血清）、RNA（诸如剪接因素）或相转移区室（诸如核仁球血清）间接使用而诱发的环镜相当。

图3 . 可可以接觸 DNA的节构域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、定量分析上皮细胞扰动前三天与DNA融入的转录指数公式

雌刺的激素类肾上腺素受体α（ESR1）驻进到胞质溶胶中，一直到碰见其配体，引发易位到神经元核，在绿中岛别墅它与基因组组中的相关区域划分紧密联系以成功激活相关的转录源程序。将血清饥饿的MCF7神经元展现于高服用量雌刺的激素类（10 nM 17β-雌二醇）4五半个小时，与模拟系统解决的较神经元更他们的DNA之间目的组（图4A）。在这当中，雌刺的激素类刺激到后DNA之间目的组中的ESR1不断增加了30倍（图4B）。总的一般来说，在1,814个按量的球蛋白酶质-DNA之间目的中，约有9%显视出低于2倍的重要变化无常，并看到与ESR1具备有之间目的的球蛋白酶如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌生长激素治疗甲状腺癌受损细胞 DNA 之间功能组的一定量是比较（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

总结

设计流入DNA组的球淀粉酶酶酶质以分析它是怎么样去 被导出并付诸生活实践的，很久是科技成员某个经常的需求。DNA组可及性包括以DNA为中的角度来做好设计，以至于，到当下说不定，印染质凝露中的哪些问题球淀粉酶酶酶质与DNA 突发软件共同做用尚不非常清楚。适用零路程光交连，可察觉DNA共同做用组中的很大多球淀粉酶酶酶质，XDNAX技术应用将充当球淀粉酶酶酶质-DNA共同做用设计的巨大软件。

拜谱工作小结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的蛋清质组学、遮盖组学、产生组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

可以参考论文文献综述：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.